Drugi sezon NieR:Automata Ver1.1a. Rok 11954. Żołnierze YoRHa 2B i 9S zostają wysłani na Ziemię w celu przeprowadzenia i wsparcia 243. operacji Descent. Tam udaje im się zniszczyć jednostki rdzenia maszyny, Adama i Ewę. Wraz z unicestwieniem tych wrogów, Armia Ludzkości wykorzystuje szansę na zakończenie tej długotrwałej wojny i decyduje się na całkowity atak przeciwko maszynowym formom życia. To zapis bitew i nadziei androidów oraz losu, który dyktuje im wszystkim... Gdy wojna szaleje, Jednostka 2B i inni jej podobni kwestionują swoją rolę. Odzyskanie planety będzie wymagało poświęcenia, ale ile jeszcze mogą z siebie dać i czy ludzkość jest tego warta?